یونی‌پروت
یونی‌پروت (به انگلیسی: UniProt) یک پایگاه داده آزاد و همگانی از ساختار اولیه پروتئین و اطلاعات عملکردی آنان است که داده‌های خود را از پروژه‌های توالی‌نگاری ژن‌ها می‌گیرد. این پایگاه داده، مخزن عظیمی از اطلاعات دربارهٔ عملکرد زیست‌شناختی پروتئین‌هاست که از مقالات پژوهش‌ی استخراج شده‌است. پشتیبانی و حفظ این پایگاه داده به عهدهٔ «کنسرسیوم یونی‌پروت» است که متشکل از چندین سازمان اروپایی بیوانفورماتیک و یک مؤسسهٔ آمریکایی در واشینگتن، دی.سی. است که در سال ۲۰۰۲ در کنار هم جمع شدند و این کنسرسیوم را پدیدآوردند. پایگاه دادهٔ UniProt در دسامبر ۲۰۰۳ میلادی با همکاری این نهادهای علمی راه‌اندازی شد.
| محتوا | |
|---|---|
| توضیح | یونی‌پروت یک منبع جامع پروتئین‌هاست، یک مخزن مرکزی از داده‌های پروتئین‌ها که توسط چندین پایگاه داده علمی تأمین می‌شود. |
| گونه‌های داده‌های گرفته‌شده | توضیح، تفسیر و حاشیه‌نگاری پروتئین‌ها |
| ارگانیسم‌ها | همگی |
| تماس | |
| مرکز پژوهش | EMBL-EBI، بریتانیا؛ SIB، سوئیس؛ PIR، ایالات متحده آمریکا. |
| استناد ابتدایی | کنسرسیوم یونی‌پروت |
| دسترسی | |
| قالب داده‌ها | فایل یک‌سطحی سفارشی (Custom flat file)، FASTA, GFF، RDF، XML. |
| وبگاه | www www |
| نشانی اینترنتی دریافت | www |
| نشانی اینترنتی خدمات وب | بله – رابط برنامه‌نویسی کاربردی جاوا برای اطلاعات بیشتر اینجا را ببینید انتقال بازنمودی حالت اینجا را ببینید. |
| ابزارها | |
| وب | جستجوی پیشرفته، بلاست، کلاستال O، بازیافت در حجم زیاد/دانلود، نقشه‌برداری از شناسه‌ها |
| گوناگون | |
| پروانه | کرییتیو کامنز ارجاع - بدون اشتقاق |
| نسخه‌بندی | بله |
| تناوب انتشار داده‌ها | ۸ هفته |
| سیاست گزینش | بله – به‌طور دستی و اتوماتیک. قواعد حاشیه‌نگاری اتوماتیک توسط متصدیان وبگاه و الگوریتم‌های کامپیوتری تعیین می‌شود. |
| نهادهای قابل بوکمارک | بله – هم ورودی‌های منفرد پروتئین و جستجوها |
بودجه و پشتیبانی مالی این پایگاه داده‌ها، توسط مؤسسه ملی تحقیقات ژنوم انسان، مؤسسه ملی سلامت، کمیسیون اروپا، دولت فدرال سوئیس، caBIG و وزارت دفاع ایالات متحده آمریکا تأمین می‌شود.
منابع
- ↑ UniProt, Consortium. (January 2015). "UniProt: a hub for protein information". Nucleic Acids Research. 43 (Database issue): D204–12. doi:10.1093/nar/gku989. PMC 4384041. PMID 25348405.
- ↑ "2002 Release: NHGRI Funds Global Protein Database". National Human Genome Research Institute (NHGRI). Archived from the original on 24 September 2015. Retrieved 14 April 2018.
- ↑ Apweiler, R.; Bairoch, A.; Wu, C. H. (2004). "Protein sequence databases". Current Opinion in Chemical Biology. 8 (1): 76–80. doi:10.1016/j.cbpa.2003.12.004. PMID 15036160.
- ↑ Uniprot, C. (2009). "The Universal Protein Resource (UniProt) in 2010". Nucleic Acids Research. 38 (Database issue): D142–D148. doi:10.1093/nar/gkp846. PMC 2808944. PMID 19843607.